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En mars 2009, à la suite d’un décret du président Nicolas Sarkozy6,7créant la première chaire de criminologie appliquée en France, il en devient le premier professeur titulaire au Conservatoire national des arts et métiers. Sa nomination à ce poste suscite des critiques émanant de personnels du CNAM8,9,10, de plusieurs universitaires français11 et de médias12,13.

Sur le même thème, à la suite de cette nomination, une tribune publiée dans Le Monde remet fondamentalement en question le travail d’Alain Bauer dans le domaine de la criminologie. Michel Lallement, sociologue du travail au CNAM, Christine Lazerges, juriste à l’université Paris 1 Panthéon-Sorbonne et Philip Milburn, sociologue à l’université de Versailles-Saint-Quentin-en-Yvelines affirment ainsi : « Les publications signées par M. Bauer sont contestées par tous les spécialistes reconnus, psychiatres, psychologues, juristes et sociologues de la déviance et des questions pénales. La liste des critiques est saisissante. » Ils étayent leur affirmation en établissant une liste d’erreurs méthodologiques11.